Une fois latinisé, ce mot devient Nantoacus ou Nantoacum (= localité de la vallée). La transformation du suffixe en "a" ou "at" était alors courante. Le nom de Nantua est né. D'ailleurs,de nombreuses autres villes et villages ont cette terminaison en "a" ou "at" dans les départements de l'Ain ou du Jura.
Deux blasons pour une ville :
A l'origine, les armoiries de Nantua comportaient une croix blanche, symbole du Duché de Savoie, dans sa partie supérieure. Ce n'est qu'en 1601 que cette croix fut remplacée par un lys qui matérialise le rattachement du Bugey au royaume de France.
"Les armes de Nantua sont : un lac de Sinople à une truite d'argent, au chef d'azur chargé d'une fleur de lis d'or. On les trouve encore : d'or à truite de sable posée en fasce et trois bucelles ondées en pointe, au chef de gueules à la croix alaisée d'argent : couronne murale."
Légende de Saint-Amand :
Amand, évêque de Maastricht au VIIème siècle, ayant passé sa vie à répandre la bonne parole, décide de s'accorder une retraite paisible. Arrivé sur les bords du lac de Nantua, il est saisi par la beauté du site et par son silence. Amand obtient de Childéric, roi de France, des terres au bord du lac pour y construire un monastère. Mommulus, gouverneur de cette région, voit alors ses possessions menacées et ordonne à ses hommes de tuer Amand. A l'instant où le coup fatal allait tomber, un puissant éclair jaillit du ciel. Apeurés et aveuglés, les quatre hommes demandèrent pardon à Amand qui fonda ensuite son monastère et les accepta comme premiers moines. Ainsi serait née l'abbaye de Nantua.